Penerimaan mahasiswa baru harus memenuhi prinsip kredibel, adil, transparan, fleksibel, efisien, dan akuntabel serta tidak diskriminatif. Universitas Muhammadiyah Enrekang sebagai penyelenggara pendidikan menerima calon mahasiswa dengan berbagai jalur, yaitu:
1. Jalur Warga Sekitar UNIMEN
2. Jalur Hafidz Al-qur’an
3. Jalur Undangan
4. Jalur Rekomendasi Desa
5. Jalur Prestasi & Atlit
6. Jalur Warga Muhammadiyah
Universitas Muhammadiyah Enrekang juga menyediakan berbagai beasiswa, yaitu:
1. Beasiswa Persyarikatan Muhammadiyah
2. Beasiswa Hafidz Al-qur’an
3. Beasiswa Bersaudara & Pasutri
4. Beasiswa Prestasi Akademik
5. Beasiswa KIP Kuliah Merdeka